Powstał na mocy wydanego przez papieża Klemensa VII w 1528 r. breve Exponi nobis, w którym pozwolił on kilku braciom z zakonu franciszkanów obserwantów na odłączenie się od dotychczasowej rodziny zakonnej i prowadzenie życia eremickiego oraz noszenie brody i habitu ze spiczastym kapturem. Pięć wieków temu na ulicach włoskich wiosek pojawili się dziwni ludzie – długie brody, szorstkie, grube habity przewiązane powrozem. Na głowach wielkie kaptury. Mieszkali w jakiś lepiankach z błota i wikliny. Chcieli radykalnie żyć Ewangelią kierując się Regułą Świętego Ojca Franciszka. Bez żadnych wyjaśnień. Dzieci postanowiły nazwać owo zjawisko. – Capuccini! – w ten sposób ochrzciły nowonarodzona gałąź Zakonu Świętego Franciszka. W pierwszej fazie rozwoju zakonu, bracia prowadzili życie pustelnicze. Oddawali się kontemplacji – minimum dwie godziny dziennie (dla mniej wytrwałych), jak określają pierwsze Konstytucje Zakonu. Mieszkali w pustelniach i małych klasztorach pobudowanych na obrzeżach miast i wiosek we wschodnich Włoszech. Nie podejmowali wtedy żadnych działań duszpasterskich. Jednak Duch wieje tam, gdzie chce – nie takie było powołanie Braci Mniejszych Kapucynów. W Księstwie Camerino wybuchła śmiertelna zaraza. Bracia, posłuszni Ewangelii, opuścili swoje pustelnie i zaczęli z narażeniem życia opiekować się zarażonymi. Tu rozpoczął się kształtować nowy rys duchowości kapucyńskiej – apostolat wśród wszystkich ludzi, szczególnie zaś wśród najuboższych.